En Recién nacidos, la coloración del iris es normalmente azul intenso por la falta de producción de pigmentos en las células cromatóforas del estroma. El color definitivo se observa hasta los dos años aproximadamente, presentándose cambios imperceptibles hasta los 50 años.

Los colores normales básicos son el azul y el café, todos los colores restantes son mezclas genéticas o acumulación de toxinas. Cuando se trata de una mezcla genética, no indica una patología determinada, aunque si indica algunas predisposiciones. Cuando el color es dado por toxicidad acumulada, la tendencia patológica será proporcional a la intensidad del cambio de color sobre el color base.

Los factores principales que determinan la variedad de colores del iris son:

1. - Densidad de las fibras colágenas, musculares y de los vasos del estroma.

2. - Espesor, cantidad de pigmento en cada célula cromatófora y número de células cromatóforas e intensidad de estimulación para producir pigmento procedente de las fibras vegetativas nerviosas ortosimpáticas que las controlan. Depende también de los estímulos hormonales de la hipófisis.

3. - Color del pigmento contenido en los cromatóforos. Pigmento se define como la sustancia de color depositada en las células. Depende de la luz que es capaz de reflejar. El negro no refleja ningún color, o sea, los absorbe. El amarillo absorbe otros colores, reflejando precisamente el amarillo. También posee una forma determinada y una posición en el iris.

Podemos decir que el color nos indica el origen de las patologías reflejadas en el iris, la forma nos indica el significado diagnóstico y la posición, el órgano dañado.

Los colores del iris son normalmente cambiantes. En pocos casos el pigmento está localizado de forma específica en un sector de un órgano preciso. En éste caso se denominan pigmentos estables. La posición del pigmento indica que órgano está dañado. En los pigmentos cambiantes, el color y la forma pueden ser característicos de una influencia patógena de un órgano determinado. (Ej.: los residuos de la contaminación ambiental). Los pigmentos patógenos al principio son estables y después son cambiantes. El instinto defensivo del organismo (posiblemente un sistema inmunológico fuerte), hace que sea cambiante, ya que de otra manera formará tumores cancerosos.